甲狀腺功能偏低的原因有：自身免疫性疾病、藥物、手術等造成的甲狀腺產生激素過少或者甲狀腺激素利用障礙而導致的低代謝性疾病。具體如下：
1.自身免疫性疾病如橋本甲狀腺炎、萎縮性甲狀腺等，免疫系統產生了攻擊甲狀腺體的抗體，使得甲狀腺部分濾泡細胞被破壞，導致甲狀腺激素分泌不足出現甲狀腺功能低下，如果患者無明顯症狀，可以觀察隨訪，如果合併臨牀甲減，可以服用甲狀腺素片治療。
2.藥物：治療甲狀腺功能亢進的硫脲類藥物，治療肝炎的干擾素，還有一些治療精神疾病的藥物如鋰鹽，還有胺碘酮等藥物會引起甲狀腺功能減低，因此在使用上述藥物時要在醫生指導下使用，用藥期間，定期複查甲狀腺功能，出現甲低時及時處理。
3.手術：例如甲狀腺手術、放射性碘治療、頸部放療等都有可能會導致甲狀腺功能低下，症狀嚴重時可能需要終身服用甲狀腺素進行替代治療。
另外一些垂體疾病如垂體瘤等以及先天性甲減、先天性甲狀腺缺如等因素也會造成甲狀腺功能偏低。因此如果出現甲低症狀，需要及時到正規醫院內分泌就診，及時查明病因。
