肝囊腫和腎囊腫是兩種不同的疾病，肝囊腫可採用藥物治療、囊腫穿刺、囊腫開窗術等方法治療，腎囊腫可採用定期隨訪、藥物治療、經腹腔鏡行囊腫去頂減壓術等方法處理。
一、肝囊腫
1、藥物治療
部分患者因寄生蟲感染髮病，這種情況可諮詢醫生使用鹽酸左旋咪唑片、硝酸咪康唑栓、阿苯達唑片等藥物治療，對症用藥控制病情進展。
2、囊腫穿刺
如用藥後無明顯療效，且症狀持續進展，可在超聲引導下進行囊腫穿刺治療，及時處理改善右上腹疼痛、飽脹等表現。
3、囊腫開窗術
針對肝囊腫巨大者，且併發感染或囊內出血，可進行開窗術處理，之後放置引流管，待引流液完全清亮之後將引流管拔除即可。
二、腎囊腫
1、定期隨訪
對於囊腫小於4cm的患者，且無腎盂腎盞受壓症狀，暫時不用特殊治療，但要密切隨訪觀察，定期進行B超檢查。
2、藥物治療
腎囊腫可引發腰腹疼痛、鏡下血尿等表現，病發後遵醫囑服用阿莫西林膠囊、馬來酸依那普利片、托拉塞米片等藥物，正確用藥改善不適表現。
3、經腹腔鏡行囊腫去頂減壓術
如腎臟部位的囊腫較大，且合併感染或惡性病變，可在醫生的指導下采用囊腫去頂減壓術治療，術後療效肯定。
除上述方法外，肝囊腫可採用肝葉切除術治療，腎囊腫考慮腎切除術處理，恢復期間定期複診檢查。
