新生兒甲型流感病毒如果沒有存在合併症，一般並不嚴重。如果存在合併症，則比較嚴重。
1、不嚴重
新生兒甲型流感病毒通常會引起明顯的高熱，如果新生兒免疫能力較弱，則有可能會出現持續性發熱。沒有合併其他合併症時，一般並不嚴重，建議及時就醫，在醫生的指導下服用磷酸奧司他韋顆粒抗流感治療，並做好退熱處理治療，可以有效的減少發燒病程持續時間，降低併發症的發生機率，控制甲型流感病毒緩解症狀。
2、嚴重
新生兒患有甲型流感病毒後，如果合併其他合併症，則屬於比較嚴重的情況。有可能導致新生兒出現噁心、嘔吐，伴有中樞神經系統症狀，出現嗜睡、昏迷，嚴重的有可能會引發心肌炎、橫紋肌溶解，甚至有可能引起多器官多系統功能衰竭，危及生命。
