孕酮低主要有3個原因：1、內分泌失調，內分泌失調會導致女性出現孕酮低的症狀，比如腎上腺、甲狀腺功能嚴重失調，會影響卵巢功能，排卵會受到影響，影響卵巢分泌孕激素，進而出現孕酮低的症狀。另外還會導致女性排卵發生障礙，受孕受到阻礙和影響。
2、黃體功能不全，如果黃體的功能不完整的話，卵巢黃體發育不全時，孕酮含量相應降低。
3、子宮異常，子宮異常會導致女性孕酮值低，比如女性曾經受過一些傷害，導致子宮出現異常，比如先兆流產、宮外孕、早產、閉經、不孕症等，這些情況也會直接引起孕酮比較低的現象。如果是孕早期出現孕酮低，可能是胚胎染色體異常引起的。
4、內分泌系統方面的疾病，比如甲狀腺功能低下，還有其他的一些內分泌疾病，影響垂體內分泌的調節性腺軸，也會導致孕酮水平的下降。
