一般多囊腎沒有特異的治療方法，主要是控制血壓和感染，以有效的延緩腎功能衰竭的進展，對於不宜手術的病例予以對症治療，腎功能不全病人的處理，與慢性腎功能治療是一樣的。腎絞痛發作時可以應用鎮痛藥物，併發感染時應當注意抗生素的應用，也可以採取中西醫治療多囊腎，臨牀觀察也會有較好的效果。
常用的對症治療措施有：
一、抗高血壓的治療可以在醫師指導下，應用ＡＣＥＩ或ＡＲＢ類藥物進行控制血壓治療；
二、防止尿路感染以及泌尿道結石，通常選取有效抗生素予以抗感染治療，主要目的是用於治療併發的急性腎盂腎炎，少數可用於預防性用藥；
三、治療囊內出血較大的結石引起梗阻時會引發血尿，應當手術治療，如果血尿不止，導致大量出血時，可以使用抑肽酶或者是去氨加壓素等治療，必要時需要性腎動脈栓塞術，另外如果本病一旦出現症狀，病變可能已經到了晚期，應當考慮行手術治療，如有囊腫化膿或大量出血不宜手術的時候，可以採用去頂減壓術等等。
如果病情已到晚應當進行腎臟替代治療，腎臟替代治療的方案有血液透析，腹膜透析以及腎移植術，建議去正規綜合性醫院泌尿科就診，建議不要相信偏方和祕方，也不要相信虛假廣告，以免上當受騙。
