先天性心臟病不是遺傳性疾病，但有一定的遺傳傾向。
先天性心臟病是先天性畸形中最常見的一類，約佔各種先天畸形的28%。5%先心病患者發生於同一家族，其病種相同或近似，可能由於基因異常或染色體畸變所致。
先天性心臟病包括遺傳因素和非遺傳因素，基因的影響相對較大，一般是因爲單一基因的遺傳缺陷，多基因的遺傳缺陷，或者是先天性代謝缺陷等因素所導致的。因此，患有先天性心臟病的病人，下一代也很有可能患上先天性心臟病。非遺傳因素，可能是在懷孕期間接觸了對身體有害的物質所造成，如放射線、X線等。或者是在孕期服用了致畸形的藥物所致。還有可能是在孕期，因爲子宮內有病毒感染等原因引起，類似這些原因導致的先天性心臟病，則不會遺傳。
先天性心臟病的發病原因很少，所以要加強對孕婦的健康管理，尤其是在懷孕初期要注意預防風疹、流感等風疹病毒性疾病。平時應多吃蔬菜，補充維生素，避免過早使用藥物，定期進行產前檢查，進行糖耐量篩查等。
