CT檢查使用的是X射線，X射線對人體的敏感器官會有一定的傷害，尤其是胎兒和兒童。所以不建議懷孕3個月以內的孕婦做任何腹部的X線類檢查，除非有非常大的醫學必要，目前孕婦完全可以選擇其它非X線類的檢查，比如超聲、磁共振。
其次就是兒童，因爲兒童很多的器官結構發育不夠成熟、不夠完善，對射線較爲敏感，在接受射線照射後可能會產生細胞染色體的畸形改變，甚至極少情況下會誘發一些惡性腫瘤，所以兒童CT檢查須慎重，如果有其它能替代的檢查方法就要避免CT檢查，但是有時必須依靠CT來診斷，做CT也不是不可以的。
CT設備均有減少射線劑量的兒童檢查模式可選。給家長朋友們要提醒的一句話就是如果帶着孩子去做CT檢查，可以向相關工作人員要求，儘可能利用鉛衣或鉛圍脖對孩子的敏感器官如甲狀腺、性腺的進行屏蔽保護。
