益生菌可以調節腸胃平衡，增強抵抗力，如果寶寶發生腹瀉的情況，可以給寶寶服用益生菌，可以改善寶寶的體質。
1、提高機體低抗力，預防疾病。增強抵抗力，調節腸胃平衡。對寶寶腹瀉特別有用，常用寶寶體質能明顯加強。不過寶寶很小，選擇益生菌很重要。最好給寶寶吃天然的益生菌，沒有副作用和依賴性，再者要看看益生菌有沒有國家食品藥品監督管理局的批文，有才對寶寶有益處的。
2、促進營養吸收，增強體質。益生菌可以抑制有害菌在腸內的繁殖，減少毒素，促進腸道蠕動，從而提高腸道機能，促進消化，還能增強寶寶的免疫力。
3、保持健康的胃腸道功能，有助身體營養均衡，可以減少過敏反應。
益生菌飯後吃更好，因爲這時胃酸比較低，有利於益生菌順利到達腸道定植(通常空腹或進餐時胃內的PH值在5-6之間，適合乳酸菌生長的環境的ph值是3以上)，活菌較易抵達腸道。要注意益生菌不可與抗生素類的藥同時服用，如果寶寶生病需要服用這類藥物也要至少是相隔2個小時以上纔可以。
因爲益生菌的最大特點是活菌。益生菌菌在保質期內應保持一定數量級，才能起到活菌應有的作用。所以從飲用的效果來說，益生菌要想到達腸胃產生良性作用，首先在銷售過程中要保持存活，所以一般超市將酸奶放在0-4℃環境下，而許多小店都把益生菌酸奶放在常溫下，益生菌存活有限。
一般益生菌酸奶的保質期在15-20天，所以消費者應該選擇日期最近的益生菌酸奶。酸奶不能燒煮加熱，也不能用微波爐加熱，否則會結塊，其中的乳酸桿菌也會被殺滅，失去原有的保健作用。因此酸奶只能冷飲，或放在溫水中溫熱後飲用。
益生菌酸奶等食品屬於一種保健食品，具有食療作用。長期食用會對身體產生益處。不像藥品一樣具有很快的藥效。若益生菌做成微生態製劑，就成爲保健藥品（我國對保健品和藥品的界限較模糊），國內已被批准藥準字的單一菌種的產品就有麗珠腸樂、回春生（雙歧桿菌）、金雙歧（雙歧桿菌）、促菌生（蠟樣芽胞桿菌）、整腸生（地衣芽胞桿菌）、降脂生（腸球菌）、抑菌生（枯草桿菌）等。多菌聯合制劑有培菲康（雙歧桿菌、嗜酸乳桿菌、糞鏈球菌）和乳康生（蠟樣芽胞桿菌和乾酪乳桿菌）等。
