現在病原微生物的檢測方法豐富多彩。我們常規檢測的病原，可以針對病原本身去檢測，如使用顯微鏡，直接檢測病原（如細菌、真菌等）。
檢測樣本採集有哪些注意事項？
流感病毒和一些非典型病原體（比如肺炎衣原體或者鸚鵡熱衣原體等），以及病毒不能獨立存活繁殖，多存在於粘膜上皮細胞內。因此我們要注意，流感病毒感染，採樣的時候就不能輕描淡寫的在相應部位輕輕的沾一下，建議稍微用力採集到呼吸道上皮細胞。脫落的上皮細胞可見於所有呼吸道分泌物。強調使用分子生物學方法檢測，最主要的一點就是分子生物學檢測的靈敏度高，即使原始樣本中病原量少也可以檢測出來。另外，應注意，有些病原在健康人羣是很少存在定植的情況，一般認爲健康人羣少見甲流、乙流病毒定植，所以在就診人羣中一旦檢測出來，同時患者有相關症狀的話，即可確診。其他的呼吸道病毒，比如鼻病毒或呼吸道合胞病毒，在健康人羣是有少量定植的，特別是兒童，這時要根據半定量結果，再結合患者本身的症狀和免疫狀況綜合判斷。
流感病毒實驗室檢測，樣本類型可包括鼻腔分泌物、鼻腔沖洗液、鼻咽拭子、咽拭子、咽沖洗液。
一般而言，咽部採集樣本病毒量略低。分子生物學比較靈敏，因此應用的樣本種類比較廣泛。而抗原檢測的靈敏度不高，所以有時如果不是在病毒量高峯時採樣或者不是採集的鼻咽部拭子，而只是咽拭子，尤其是醫生、護士或者其他相關醫療人員沒有嚴格按照操作在咽部轉動3~5周，略微用力的話，都可能導致陽性率下降，患者可能是感染患者，但是沒有檢測出來。
下呼吸道樣本，包括痰液、氣管吸出物、Balf，都可以檢出病毒。如果懷疑肺炎，從口咽部到下呼吸道採樣也可以反映出來。一旦檢出，強烈指向患者存在相關部位感染。
因爲甲流、乙流以及呼吸道合胞病毒與腺病毒、鉅細胞病毒、EB病毒不同，爲RNA病毒，容易被環境中RNA酶降解，建議保存於特定樣本保存液中送檢，其中含有抑制RNA酶的成分，能夠減少RNA降解，提高檢出的陽性率。
最好採集哪種樣本類型？
樣本類型最好去採集鼻咽拭子或鼻拭子，患者會略有不適，因此應選擇比較柔軟的拭子，多數試劑廠家在提供試劑時會提供相應採樣拭子。不能採用木棍的棉拭子直接伸進鼻子或咽部採集樣本，患者會比較痛苦，舒適度差，且不易到達有效部位，陽性率相對下降。
樣本採集如何操作？
通常後鼻咽部的拭子所能沾取的病毒量高於前鼻或咽部拭子；將柔和、頭部尖的拭子由鼻腔插入，沿鼻腔壁伸入鼻咽部，直至感覺到一定阻力，轉動3-5次，然後將該拭子取出，進行抗原檢測或者相應的分子生物學檢測，如果不能及時進行分子生物學檢測，要放在RNA保存管中。如果是咽拭子，直接在咽部採集即可。特別是在兒科就診的患者，或者患者的特殊情況，採鼻咽拭子存在一定難度，如果使用分子生物學檢測的手段，或者預判患者的病毒載量比較高的情況下，即使用抗原檢測，也可以採咽拭子。注意採咽拭子時不要在口腔內隨意比劃一下，可能僅沾到一點兒唾液，需在後咽部稍微有力度的轉3-5次，是比較理想的採樣方式。
