是指可在人類腸道內繁殖且不具致病性，反而對人類健康有所助益的細菌。此類細菌通常爲乳酸桿菌或分支桿菌等可發酵乳糖之細菌。他們能夠在腸道內排擠壞菌，來建立起健康的消化環境。
嬰兒的腸道本來是無菌的，從出生之後，經由飲食，腸道開始建立起這個細菌王國，連母乳裏面也有益生菌的存在，這些菌不但幫助消化食物，還控制我們所吸收的卡路里，並提供重要的消化酶、維他命A和維他命K。
目前市面上普遍存在許多益生菌的迷思。以爲含有乳酸菌的產品就是益生菌。就對人體健康有益無害。所以世界衛生組織WHO將「益生菌」定義爲「當進食足夠份量時對人體健康有益處的活微生物」，並訂立了多項嚴格的標準。也就是說，不是乳酸菌就可以自稱是益生菌。
口服補充益生菌有用嗎？
如果認真地想要以科學論證的角度來看口服補充益生菌的好處，那我們會驚訝地發現，科學家目前其實還沒有定論。但這個商業化的產品已經被過度的宣揚療效了！本來益生菌是一個科學概念，但實際上來說卻有以下幾個問題：
菌種
因爲益生菌的菌種很多，科學家還無法提出確切的證據來證明是哪一種益生菌能帶來好處。菌種更不是多就有效，因爲菌種之間會因爲許多微妙的因素而產生排擠與競爭，相互抵銷功效。有時單一種菌種有效，加了其他的菌種反而無效。
如何抵達腸道
膽汁與胃酸的目的都是殺菌，益生菌要如何通過而到達腸道？就算能通過，實際抵達的數量，可能無法達到改變菌叢生態的目的了。
持續性
既然目的是要改變菌叢的生態，必須要長期服用，不斷地補充。如果飲食習慣不佳，只是不停補充益生菌，恐怕流失的速度會快過於補充。而且如果只是補充益生菌而沒有提供益生質，（是食物中一種不易消化的成分，可刺激消化系統中益生菌的成長或活化，像是菊糖和果寡糖）益生菌還是無法長久存在。
這些口服的益生菌，不論是做成飲品或是粉末狀，都有很多問題需要克服。因爲所有菌種都需要是活性的，在包裝保存與運送過程中，活菌的數量都可能與廠商宣稱的有差異。同時，雖然有保存期限，但菌數是會隨着時間而遞減，因此越新鮮所含的活菌會越多。
