在臨牀中，本病應與單純性口腔潰瘍、瑞特綜合徵、強直性脊柱炎、炎症性腸病等相鑑別。
1.單純性複發性口腔潰瘍是—種最常見的具有反覆發作特徵的口腔粘膜潰瘍性損害。多發生於青壯年。脣、頰、舌尖、舌邊緣等處粘膜好發。最初，口腔粘膜充血(發紅)、水腫(略隆起)，出現小米粒大小的紅點，很快破潰成圓形或橢圓形潰瘍，中央略凹下，表面有灰黃色的苔，周圍有狹窄紅暈。有自發性劇烈燒灼痛，遇刺激疼痛加劇，影響病人說話與進食。一般無明顯全身症狀。而白塞病是一種全身性疾病，不僅有口腔潰瘍，而且有眼部病變、會陰潰瘍和針刺反應等。
2.瑞特綜合徵雖可有口腔潰瘍、龜頭炎及結膜炎，易與白塞病相混淆，但前者無針刺反應和靜脈炎。
3.強直性脊柱炎的基本病變是附着點炎。常常HLA—B27陽性，嚴重或晚期者出現脊柱強直，脊椎關節呈竹節樣改變，可與白塞病區別。
4.克隆病可有口腔潰瘍，主要表現爲消化道節段性的潰瘍或增生，腸道內可呈鋪路卵石樣改變;
潰瘍性結腸炎表現爲下消化道的潰瘍，主要爲乙狀結腸的病變，可以由下向上發展至迴腸，有人稱之爲“倒灌性迴腸炎”。炎症性腸病的病人多有較嚴重的腹瀉，大便爲膿血樣。而且X線或纖維結腸鏡檢查可以輔助診斷，並與白塞病鑑別。
5.系統性紅斑狼瘡可有眼部病變、口腔潰瘍及神經、心血管系統病變，但其病情進行性加重，並不呈週期發作性，而且LE細胞、抗核抗體陽性，這些異常發現決不見於白塞病。
6.韋格內肉芽腫雖有眼部病變及多系統損傷，但其病情進行性惡化，肺部X線檢查可見有變化多端的浸潤影，有時可有空洞形成，組織病理特徵爲肉芽腫性血管炎，而且腎功能損害嚴重，無陰部潰瘍，針刺試驗陰性，很易與白塞病相鑑別。
7.結核性關節炎有時伴有結節性紅斑，但無眼部損害及陰部潰瘍，一般也無心血管及神經系統損害，抗結核治療有效。雖然結核菌感染可引起白塞病，對抗癆治療有效，但結核桿菌引起的白塞病不僅有結節性紅斑和關節炎，而且還有血管系統、神經系統及黏膜改變，二者鑑別並不困難。
8.多發性大動脈炎當白塞病以血管病變爲主要臨牀表現時，應與多發性大動脈炎相區別。後者主要表現爲上肢或下肢無脈症，無口腔、陰部潰瘍，組織病理改變爲鉅細胞動脈炎，無靜脈改變，針刺反應陰性，很少有皮損。
