抗幽門螺桿菌的治療後幾天反而胃不舒服可能是消化不良、幽門螺桿菌未根除、藥物副作用等原因導致的，需要根據具體情況來治療。具體情況如下：
1、消化不良
在治療期間，患者的腸胃功能比較弱，如果患者這一期間飲食過多，可能會引起消化不良的症狀，從而導致出現胃脹、胃痛等症狀，可以在醫生的指導下服用健胃消食片、複方胰酶散等藥物來促消化。
2、幽門螺桿菌未根除
如果治療幽門螺桿菌的時間過短，可能會使幽門螺桿菌沒有得到徹底治療，引起腸胃不適的症狀，一般需要適當延長治療時間。
3、藥物副作用
治療幽門螺桿菌的藥物主要包括奧美拉唑腸溶膠囊、雷貝拉唑鈉腸溶膠囊、艾普拉唑腸溶片等，一部分患者在服用這類藥物後，會出現胃痛、噁心等副作用，一般需要立即停止用藥。
此外，患有急性胃腸炎、焦慮症、抑鬱症等疾病時，也會引起治療中胃部不適的症狀，建議去醫院就診，具體進行治療。
