許多婦女尤其是未婚婦女錯誤地認爲，藥物流產就像正常月經來潮一樣，不會傷身體，不需要休息。實際上，藥物流產與負壓吸宮流產一樣，都是人爲干預妊娠的生理過程，在一定程度上會損害婦女的健康。
感染婦女服用抗孕藥物後，子宮腔內的胚囊組織可在當天排出，有時妊娠組織物排出不全，子宮膜復舊欠佳，陰道出血時間較長，可持續2-3周，甚至1-2個月。長期慢性失血可引起貧血，使身體抵抗力下降。這時，細菌往往由陰道逆行，而引起子宮內膜炎症。
有的婦女用藥後因不完全流產，影響子宮收縮及子宮內膜創面的修復，使陰道流血量明顯增多，超過平時月經量的2-3倍，嚴重者還可出現大出血，導致貧血、休克，此時需輸血、並緊急手術刮宮止血等。
未婚婦女如反覆妊娠、反覆流產，可造成子宮內膜反覆受損。由於子宮內膜有損傷，一旦她們需要正常妊娠，易發生前置胎盤，可引起產前大出血，也有些婦女由於多次人工流產而出現習慣性流產。
抗孕藥物可以抑制卵巢的功能，影響卵泡的生長發育甚至排卵。個別婦女藥物流產後，可發生月經失調，表現爲月經週期縮短或延長，月經量增多。
藥物流產只能有具有一定規模的醫療保健機構中使用，抗孕藥物必須在醫生的監護和指導下服用，切忌擅自在家中服藥，如遇阻道流血不止，應及時去醫院檢查。
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