慢性腸炎的病因較多，主要包括遺傳、受到感染、急性腸炎治療不徹底、過度勞累、免疫失衡等。
1、遺傳
如果家族成員直系親屬中有人患有克羅恩病、潰瘍性結腸炎等疾病，則會導致後代增加患有慢性腸炎的發病機率。
2、受到感染
不潔飲食，或者患有全身感染性疾病等原因，有可能造成細菌、病毒、真菌等病原體感染，引發慢性腸炎。
3、急性腸炎治療不徹底
患有急性腸炎時如果沒有得到及時有效的治療，有可能造成疾病長期存在。隨着疾病的逐漸發展，會演變爲慢性腸炎。
4、過度勞累
長期過度勞累時會導致機體免疫力下降，容易受到細菌、病毒等病原體感染，誘發慢性腸炎。
5、免疫失衡
免疫失衡時會導致腸道保護屏障受到損害，使腸道炎症持續性存在。隨着炎症的加重，有可能會誘發慢性腸炎。
