一般情況下，睡醒躺着頭疼可能是生理原因導致的，也可能是上呼吸道感染、頸椎病等病理原因引起的，通過一般治療、藥物治療可逐步得到改善。具體分析如下：
一、生理原因
如果睡眠時間不足或長時間保持統一姿勢，可能會使大腦未得到充分的休息，表現出上述反應，一般在充分休息及更換體位後可逐步緩解。
二、病理原因
1、上呼吸道感染
上呼吸道感染可能是病菌感染、自身免疫力低下等原因導致的，若患有該疾病，可能會導致鼻腔黏膜充血水腫，使鼻神經、嗅覺神經受到刺激，表現出睡醒躺着頭疼的症狀。對此，可遵醫囑使用利巴韋林顆粒、氨咖黃敏膠囊、吲哚美辛片等進行治療。
2、頸椎病
頸椎病的影響因素包括軟組織損傷、頸椎退行性變，如果患有該疾病，可能會刺激或壓迫神經，致使上述情況出現。針對這一情況，建議在醫生指導下服用相關藥物進行治療，比如布洛芬緩釋膠囊、塞來昔布膠囊、甲鈷胺片等。
除了上述原因，該情況還可能與高血壓、腦血管痙攣、顱內腫瘤等原因有關。若是長時間未緩解，應積極就醫，明確具體病因，並進行鍼對性治療。
