巧克力囊腫通常是有異味的，子宮內膜在卵巢內生長所致，隨着月經週期而出血，容易形成陳舊性積血的囊腫。其治療方式包括非甾體抗炎藥、激素類藥物等。具體分析如下：
1、非甾體抗炎藥
由於個體差異較大，沒有所謂最快、最好、最有效的藥物，建議在醫生指導下結合自身的情況給予合適的藥物治療，非甾體抗炎藥是一類抗炎、解熱、鎮痛的藥物，如布洛芬緩釋片、對乙酰氨基酚片等，可用於緩解病變，引起的腹痛、痛經等，但是不能阻止病情的進展。
2、激素類藥物
口服避孕藥是最早用於治療本病的激素類藥物，適用於輕度患者，如米非司酮片、孕三烯酮膠囊等，通過長時間服用造成類似妊娠的人工閉經，臨牀上也叫做假絕經療法治療，可以幫助緩解患者的症狀。
如果上述治療方式效果不明顯，必要時也通過手術方式治療，通過手術切除病竈、恢復正常的解剖結構。
