卵巢巧克力囊腫是卵巢囊腫的一種，臨牀顯示，卵巢囊腫患者中有50%是巧克力囊腫。囊腫經常與四周的組織發生粘連，影響卵細胞檢拾而致使管腔阻塞。使正常的排卵受到阻滯，並引發女性不孕。
卵巢巧克力囊腫對女性的生育是會造成很大影響的。因爲，囊腫堵住卵巢，使得卵巢生卵能力減弱，卵子質量會受到很大影響。另外，如果囊腫堵住輸卵管，即便能生出卵子，卵子也無法進入子宮，這同樣會造成不孕。
如果卵巢巧克力囊腫發生破裂的話，那麼囊內所含陳舊性經血，就會向腹腔擴散，往往由於繼發性粘連、及內膜的種植，而使生育功能，受到嚴重的損害。囊腫還會使卵巢生卵能力減弱，堵塞輸卵管等，嚴重影響懷孕，發現要及早治療。
卵巢巧克力囊腫的危害具體有如下幾點：
1、導致瀰漫性腹膜炎：囊腫破裂後，可刺激周圍的腹膜，引起劇烈的腹痛，如果處理不及時，還可能導致瀰漫性腹膜炎，卵巢巧克力囊腫的危害造成致命的後果。
2、引起輸卵管阻塞，導致不孕：卵巢巧克力囊腫會造成輸卵管機械性堵塞，影響卵巢的排卵功能，影響患者營養，如雙側卵巢癌使卵巢的大部分組織破壞，不孕的發生率較高。因此卵巢巧克力囊腫會引起輸卵管堵塞，從而造成不孕。
3、造成盆腔器官的粘連：卵巢巧克力囊腫經過一段時間後，囊內積血再次增多、壓力再次增大時，又可發生自發性破裂。囊腫破裂後流至盆腔內的積血，刺激腹膜，引起劇烈腹痛，並可造成盆腔器官的粘連。
治療方法
1、電灼治療：通過電灼來切除子宮內膜的異位病竈。
2、局部治療：可以緩解巧克力囊腫帶來的痛經、不孕、包塊以及盆腔結節。
3、手術治療：又分爲保守性手術和半保守性手術，保守性手術可以保留子宮生育能力，清除或破壞病竈;半保守性手術，控制疼痛，保留卵巢功能。
4、中藥治療：中藥[囊腫|婦膳|方|貼]以中醫理論爲基礎，靈活運用活血化淤、軟堅散結、利溼祛疾、消積行氣的治療原則和系列方藥，用於臨牀治療卵巢巧克力囊腫，已經取得了理想的療效。
5、經腹腔鏡治療：如果使用傳統的中西醫結合方法效果不明顯，手術不易切除病竈的，可以通過腹腔鏡手術來治療。
