雖然顱咽管瘤，是一種良性的顱內腫瘤，但是因爲經常在手術當中無法全部切除，導致術中殘留，因而引起手術後復發。
復發的症狀主要包括視力減退、視野缺損、大腦垂體功能低下、內分泌功能紊亂、顱內壓力增高、頭痛、噁心、嘔吐、血壓增高、呼吸心跳減慢，甚至有意識障礙。
之所以會出現這些症狀，是因爲顱咽管瘤主要生長在鞍區，而鞍區周圍有很多重要的神經結構，主要包括視神經、視交叉、大腦垂體和海綿竇。
因爲顱咽管瘤本身位置深，腫瘤有鈣化，手術當中全切困難，因此經常在手術中損傷神經結構或者復發以後侵犯這些神經結構。
