(1)對腸道的危害
宿便和毒素長期積存在腸道里，會誘發多種腸道疾病，包括結腸炎、結腸潰瘍、結腸憩室炎，甚至直腸癌、結腸癌等惡性疾病。
(2)對肝臟功能的危害
毒素經大腸吸收通過門靜脈進入肝臟併到全身。毒素增加了肝臟的解毒負擔，大大降低了肝臟激素滅活、調節糖代謝、合成血漿蛋白及分泌膽汁的功能。
由於宿便長期停留在腸道中，使得大腸在吸收水份的同時將本應通過糞便排出體外的大量甲基吲哚吸收回血液中，造成肝臟解毒功能的負擔加重，導致肝功能降低，進而加速肝細胞的凋亡和變性，任其發展便形成肝硬化。由於甲基吲哚具有很強的致癌作用，如不及時治療則易轉化爲肝癌。其次，當肝功能嚴重受損時，大腸從宿便中吸收的氨不能被肝臟及時代謝，高濃度的氨透過血腦屏障後，抑制大腦皮層的興奮性，使病人對外界刺激的反應降低，並出現嗜睡、昏睡，甚至是深度昏迷的情況，臨牀上稱之爲肝昏迷。
(3)對心腦血管的危害
腸內毒素進入血液後，會加重高血壓、高血糖、高血脂、糖尿病、老年癡呆等患者症狀，導致病情惡化。
由於便祕使得病人排便非常困難，需要病人在排便時不斷加大腹內壓，使得一些高血壓、心臟病和腦血栓病人由於腹內壓的刺激性反射增強，導致血壓升高，心率加快，迴心血量和腦血流量的突然增多，導致中風和腦梗塞死亡的情況。在醫學上叫做馬桶上的猝死。硫化氫對大腦的危害更爲嚴重。硫化氫進入大腦後會直接與大腦中的多巴胺受體結合，使多巴胺的結合利用率下降，導致腦神經元的傳遞受阻，使大腦出現萎縮，病人的認知能力大幅下降，也就是常見的老年癡呆。
(4)對腎臟功能的危害
宿便中的部分氨在血液中會與水合成爲尿素、肌酐等代謝產物。由於便祕使得大量的氨在血液中合成爲尿素和肌酐，加大了腎臟的負擔，使腎臟的功能受損。一旦腎臟的功能被破壞，將會對人體的泌尿系統、內分泌系統和造血系統造成嚴重的危害。
(5)對皮膚的危害
毒素進入血液循環後，會出現皮膚粗糙、雀斑、黃褐斑、和痤瘡等皮膚疾病。
由於皮膚具有呼吸的功能，同時也具有排泄的作用，由於大腸內的毒素無法溶於水中，所以無法通過汗液排出體外，便會集聚在皮膚的毛孔中，引起毛囊和皮脂腺的感染，進而引起皮脂腺分泌功能的異常，導致痤瘡、色素沉澱、脂溢性脫髮等皮膚疾病的產生。
(6)對免疫系統的危害
毒素的積累大大影響身體各個臟器的功能，降低人體免疫力，嚴重影響人體對疾病的抵抗力，是亞健康狀態的根源。
