洗手液含有對人體有害的抗菌化學物質，如果不充分將手清洗乾淨，這些有害物質可能進入人體，影響健康。
近年來，洗手液因其方便衛生逐漸替代了香皂，但研究顯示，有些洗手液含有對人體有害的抗菌化學物質，如三氯生，會對人體甲狀腺造成傷害，甚至殺死所有細菌，久而久之皮膚上的細菌也“耐藥”了。除此之外，它還可能含有鄰苯二甲酸酯、聚乙二醇，影響生殖健康，甚至致癌。因此，用洗手液洗手後一定要充分沖洗。
用洗手液時，揉搓雙手的時間最好在30秒以上，再用流水沖洗至少15秒，直至雙手有澀感爲止，如果有條件，可以衝足1分鐘。有的洗手液衝過後還會有滑溜溜的感覺，很難判斷是否衝乾淨了。此時可以雙手掌心相對，用力互搓幾下，若手上還有細細的白色泡沫，說明還有殘留的洗手液。
很多人生怕洗手洗不乾淨，所以按出大量洗手液在手上，洗的時候使勁揉搓，哈爾濱醫科大學附屬第四醫院皮膚科主任張麗華教授提醒，這樣容易損傷皮膚，非但留不住水分，反而會讓病菌更容易侵入。每次用一小滴洗手液即可，如果掌控不好，可以在按壓嘴下方綁幾圈皮筋，這樣就不會將按壓嘴壓到最底端，節省用量。此外，雖然不少洗手液都含有護膚成分，但頻繁洗手仍會導致手部皮膚乾燥，因此洗完手後，最好塗抹保溼滋潤的護手霜。
需要提醒的是，大多數洗手液都只靠酒精殺菌，但酒精不能有效地去除吸附在皮膚細小縫隙中的污物，如灰塵、泥土、血漬等，所以，一旦手上沾染此類污物，還是應該先用肥皂洗手去污，然後再使用洗手液殺菌並潤膚。
