現在病原微生物的檢測方法豐富多彩。我們常規檢測的病原，可以針對病原本身去檢測，如使用顯微鏡，直接檢測病原（如細菌、真菌等），但是在臨牀工作中應用侷限，不適用病毒檢測。還有一類是培養法，常規的細菌、真菌都可以採用培養技術，但是對於病毒而言，由於培養對實驗室條件要求較高，而且也無法滿足快速診斷的的要求，所以目前培養法在病毒診斷方面的應用較少，多用於科研實驗室。
還有其他方法，比如抗原檢測（針對病原微生物）和抗體（針對人體對病原微生物的免疫反應）檢測。此外，最重要的，也是今天着重強調的分子生物學檢測方法。對於現在的感染性疾病而言，如果醫院想讓病原微生物診斷水平提高，儘可能滿足臨牀需求，分子生物學檢測將會成爲一個必不可少的手段。
檢測樣本採集有哪些注意事項？
流感病毒和一些非典型病原體（比如肺炎衣原體或者鸚鵡熱衣原體等），以及病毒不能獨立存活繁殖，多存在於粘膜上皮細胞內。因此我們要注意，流感病毒感染，採樣的時候就不能輕描淡寫的在相應部位輕輕的沾一下，建議稍微用力採集到呼吸道上皮細胞。脫落的上皮細胞可見於所有呼吸道分泌物。強調使用分子生物學方法檢測，最主要的一點就是分子生物學檢測的靈敏度高，即使原始樣本中病原量少也可以檢測出來。另外，應注意，有些病原在健康人羣是很少存在定植的情況，一般認爲健康人羣少見甲流、乙流病毒定植，所以在就診人羣中一旦檢測出來，同時患者有相關症狀的話，即可確診。其他的呼吸道病毒，比如鼻病毒或呼吸道合胞病毒，在健康人羣是有少量定植的，特別是兒童，這時要根據半定量結果，再結合患者本身的症狀和免疫狀況綜合判斷。
臨牀症狀的嚴重程度和病毒量有關，這也解釋了爲什麼說最好不要僅報告一個陰性或陽性的結果，建議分子生物學檢測時，報告一個半定量的結果或者在未來隨着技術的推進，能夠報告一個定量的結果（如採用數字PCR技術），報告樣本里含有病毒的量。對於微生物實驗室或分子生物學實驗室的工作人員來說，由於採集呼吸道樣本的時候難於準確定量，可報告給臨牀一個CT值，即在熒光定量PCR中，擴增曲線開始增高的循環數，CT值越小，說明原始樣本的病毒量越高。病毒量與病情相關，最初2-3天達到高峯。當然，有些分子生物學方法，如恆溫擴增、擴增產物電泳法檢測，是無法提供定量或半定量結果的。
流感病毒實驗室檢測，樣本類型可包括鼻腔分泌物、鼻腔沖洗液、鼻咽拭子、咽拭子、咽沖洗液。
一般而言，咽部採集樣本病毒量略低。分子生物學比較靈敏，因此應用的樣本種類比較廣泛。而抗原檢測的靈敏度不高，所以有時如果不是在病毒量高峯時採樣或者不是採集的鼻咽部拭子，而只是咽拭子，尤其是醫生、護士或者其他相關醫療人員沒有嚴格按照操作在咽部轉動3~5周，略微用力的話，都可能導致陽性率下降，患者可能是感染患者，但是沒有檢測出來。
下呼吸道樣本，包括痰液、氣管吸出物、Balf，都可以檢出病毒。如果懷疑肺炎，從口咽部到下呼吸道採樣也可以反映出來。一旦檢出，強烈指向患者存在相關部位感染。
因爲甲流、乙流以及呼吸道合胞病毒與腺病毒、鉅細胞病毒、EB病毒不同，爲RNA病毒，容易被環境中RNA酶降解，建議保存於特定樣本保存液中送檢，其中含有抑制RNA酶的成分，能夠減少RNA降解，提高檢出的陽性率。
