鍼灸治病是採用獨特的針刺和艾灸等方法來達到其防治疾病的目的，具有調和陰陽、扶正祛邪、疏通經絡的作用。
調和陰陽
疾病的發生，從根本上來說是陰陽的相對平衡遭到破壞，出現偏盛偏衰的結果。對於這些臟腑經絡功能失常的病理變化，運用鍼灸方法則可以調理陰陽，補偏救弊，恢復陰陽相對平衡，促進陰平陽祕，保持精氣充沛，形氣相合，神氣內存。
鍼灸調和陰陽的作用主要是通過經絡腧穴配伍和針刺手法來實現的。例如：胃火熾盛引起的牙痛，陽熱偏盛，治宜清胃瀉火，取足陽明胃經腧穴內庭，針刺瀉法。
寒邪傷胃引起的胃痛，屬陽邪偏盛，治宜溫中散寒，取足陽明胃經腧穴足三裏和胃之募穴中脘，針刺瀉法，並灸。
腎陰不足、肝陽上亢引起的眩暈，屬陰虛陽亢證，按着“陰病治陽，陽病治陰”的原則，治宜育陰潛陽，取足少陰腎經腧穴太溪，針刺補法;取足厥陰肝經腧穴行間，針刺瀉法。
脾陽不足引起的慢性泄瀉，屬陽虛陰盛，治宜溫陽散寒，取足太陰脾經腧穴陰陵泉等穴，針刺補法，並灸。
由於陰陽之間可以相互化生，相互影響，故治陰應顧及陽，治陽應顧及陰，在調和陰陽時，常採用“從陰引陽，從陽引陰”的方法，臨牀上最常見的是運用募穴、背俞穴來調養臟腑的陽氣和陰氣。
扶正祛邪
疾病的發展過程，是正氣和邪氣的相互鬥爭的過程，正邪力量消長決定疾病的發展和轉歸，邪勝於正則病情加重，正勝於邪則病情減輕，因此，扶正祛邪是保證疾病趨向良性轉歸所不可缺少的。鍼灸治病，就在於能夠發揮其扶助正氣，祛除邪氣的作用。
鍼灸扶正祛邪的作用主要是通過針刺手法和腧穴配伍來實現的。例如：
在刺灸方面，針刺補法和艾灸都有扶正的作用;反之，針刺瀉法和刺血療法都有祛邪的作用。
在腧穴配伍方面，膏肓俞、氣海、關元、命門等穴，多在扶正時選用;十二井穴、十宣、人中等穴，多在祛邪時選用。
如見面色蒼白，大汗淋漓，四肢厥冷，脈微的虛脫證，治宜回陽固脫，急取關元、神闕，大艾炷灸之，並取足三裏，針刺補法。如見高熱神昏，煩躁口渴，脈洪大而數的外感溫熱證，治宜瀉熱開竅，取十二井穴用三棱針點刺出血，再取大椎、曲池針刺瀉法。
扶正與祛邪，方法不同，但二者相互爲用，相輔相成，既可先祛邪後扶正，又可先扶正後祛邪，或扶正與祛邪並用。一般以“扶正不留邪，祛邪不傷正”爲原則，只有這樣，才能取得預期的療效。
疏通經絡
經絡系統遍佈體內，縱橫聯繫，交叉出入，溝通表裏，聯繫上下，構成人體氣血運行通路，維持人體正常生理功能。若由於種種原因，導致經絡不通，臟腑肢節失卻溫煦濡養，氣血閉阻，則會疾病叢生，或滯或瘀，或虛或實，或寒或熱，或氣血失和，或陰陽偏頗。鍼灸治病則可利用其“疏通經脈，調和氣血”的作用，根據經絡與臟腑在生理病理上相互聯繫，相互影響的機理，在經絡循行分佈路線和聯繫範圍內選取一些腧穴，進行鍼刺或艾灸，使經絡暢通，營運有度，氣血調和，陰陽平衡。
