固然試管嬰兒的成功率已經在逐年提升，但是仍有失敗的案例，有不少患者都是在試管移植時遭受了失敗。爲什麼植入的胚胎不能着牀成功，一直是治療不孕不育症的專家、生殖醫學科學家及不孕不育相關從業人員極想知道的問題。
在一次有關試管嬰兒移植失敗的調研會上，經過不孕症專家及生殖科學家的研究，胚胎着牀失敗的原因可歸納下列：
1、子宮內膜接納胚胎的能力下降：
(1)子宮構造不正常：如：子宮先天性發育畸形(雙角子宮、子宮縱膈)、子宮內膜息肉、子宮內膜炎以及子宮腔內肌瘤。子宮肌瘤如果長在子宮肌層，離子宮腔一公分以上，並且肌瘤大小不超過5公分則不會影響試管嬰兒助孕的懷孕率。
(2)子宮內膜薄：曾經因爲流產做過子宮搔刮術、月經不正常(持續月經來潮)或者血液循環不好，都會造成子宮內膜薄。到底子宮內膜多厚才能讓胚胎着牀成功，如今爲止，尚無定論，只是子宮內膜厚壁子宮內膜薄懷孕率高這是不爭的事實。有研究子宮內膜厚度在12mm比較適宜懷孕。
(3)子宮腔持續積水：輸卵管水腫及不通會造成子宮腔積水，這是因爲輸卵管的積水因輸卵管傘部(尾端)阻塞，造成輸卵管內的積水往子宮腔流之故。持續性的子宮腔積水會造成胚胎着牀失敗。但多囊性卵巢症患者在他們接受排卵藥物刺激之後，偶爾也會引起子宮腔積水，但不造成着牀不易(失敗)的問題。
(4)子宮內膜分泌的黏性蛋白的品質不好或是量不足或是子宮腔內某種細胞素的量太少或者太多，都會影響胚胎的着牀成功以及否。比方說一種蛋白稱爲αVβ3，在胚胎着牀(排卵後六天)前後，子宮內膜細胞會製造並釋放。如果在胚胎着牀期，這種蛋白製造或者釋放少，會引起胚胎着牀失敗。細胞素，比方說間白素1β(Interleukin(1L)-1β)太高或干擾素-Y太低也會引起胚胎着牀失敗。
(5)有自體免疫疾病或有偶血栓形成體質以及習慣性流產有關是不爭的事實，但以及胚胎重複着牀失敗是否有關聯，如今還沒定論。比方說抗磷脂綜合徵是以後總自體免疫反應疾病，即紫紅色的免疫細胞對身體細胞膜或者任何微小器官上的膜磷類化學物質產生抗體，然後經由抗原抗體反應破壞細胞組織。抗磷脂綜合徵以及習慣性流產有關，但以及胚胎着牀失敗的關係則有待確定。
