肛門疼痛是肛腸科最常見的臨牀症狀之一。肛腸科有很多臨牀症狀，如便血、脱出、疼痛。疼痛是最常見，也是最複雜的臨牀症狀。肛門口的許多疾病，都可以引起肛門疼痛，直腸肛管異物、內痔血栓、外痔血栓、肛周膿腫、肛裂等都會引起肛門疼痛。疼痛的性質程度和發病的誘因不同。
有一種情況是基本上沒有什麼疾病，但長期吃辛辣刺激的食物，也可以導致暫時性的肛門疼痛。還有一種是功能性肛門疼，做了所有檢查，在肛門口均未發現任何的異常。但患者自覺肛門口疼痛，稱之為功能性肛門疼。一般情況下與心理抑鬱有很大的關係。
