幽門螺旋桿菌四聯療法的副作用，主要是這四種藥物所引起的副作用。使用兩種抗生素會引起過敏的反應，比如出現皮疹、蕁麻疹。會出現胃腸的反應，比如胃脹、胃痛或者消化不良、食慾不振，還會出現神經功能的症狀，如頭暈、頭痛、噁心或者嗜睡等情況。還可能會導致血液性疾病，比如粒細胞減少。如果吃些鉍劑，可能會大便黑色。質子泵抑制劑，偶也會導致胃腸功能不適等情況。
