檢查骨關節結核，首先要通過體格檢查。患有骨關節結核的患者，通過查體可以發現關節腫脹、局部壓痛，關節活動範圍明顯受限。
如果已經形成寒性膿腫，可以抽取膿液，進行結核桿菌培養，陽性結果可以確定診斷。血常規檢查，可以發現紅細胞降低、血紅蛋白減少。在骨關節結核活動期，血沉會明顯加快，也有助於診斷。X光片一般在發病兩個月後纔有改變，因此，早期X光片只能作爲鑑別診斷的方法。
早期診斷主要通過磁共振，可以發現病變部位的骨質內有異常信號。在後期，X光片可以發現寒性膿腫、椎旁膿腫以及流注膿腫，還可以發現骨質破壞和硬化的死骨。關節鏡下采集滑膜組織進行活檢，也可以確診關節結核。
