目前診斷流感的實驗室方法主要有兩種，一種是流感病毒的抗原檢測，另一種是核酸檢測。這兩種方法，各有優劣。
抗原檢測
方法簡便，無需特殊儀器設備，各基層單位均可開展；出結果快，急診檢測一般一小時內可出報告；收費低，花費少。而其缺點，存在敏感性較核酸檢測低，體內流感病毒含量較低時可能漏檢；某些特殊類型流感病毒變異株無法檢測出來，陰性不能排除感染；未純化，易受鼻咽或口咽部的其他物質干擾等。
核酸檢測
敏感性高，哪怕在體內流感病毒含量較低時，也可以檢測出來；針對流感病毒的相對保守區位點進行擴增檢測，受病毒變異影響小；核酸經過純化，受干擾小。而其缺點，存在方法繁瑣，需先對核酸進行提取，再進行擴增，需要特殊的設備及嚴格的實驗室環境要求；出結果慢，不適用於急診檢測；收費較高，花費多。
對於臨牀醫生或患者本人，該如何選擇這兩種檢測方法呢？
1、對於流感症狀明顯、有明確的接觸史、急需診斷及治療的患者，可先選擇抗原檢測，抗原檢測陽性，即可診斷甲型流感，應及早治療。
2、對於抗原檢測陰性，但臨牀仍然高度懷疑甲型流感感染的患者，建議選擇核酸檢測。
3、對於已感染者的治癒判斷或療效監測，大多數情況下，抗原檢測陰性即可初步判斷恢復；但後期如果有手術、生物製劑、免疫抑制等醫療需求，建議進行核酸檢測，嚴格判斷是否痊癒。
4、如果出現新的特殊變異株，且市面上抗原檢測無法獲得有效結果，可選擇核酸檢測。
當然，在每年的9月～11月接種流感疫苗，是最有效的預防流感的措施。同時，流感病毒每年都會發生新的變化，產生新的優勢毒株，因此流感疫苗每年都會有更新，即建議每年都要接種。
