公共廁所細菌繁多，雖然大多數對人體無害，但也有不少致病細菌。英國《每日郵報》刊出英國萊斯特大學臨牀微生物學高級講師弗里斯通博士總結的“公廁衛生建議”。
大多數人身上攜帶的微生物多達1公斤，它們主要存在於腸道內，包括細菌、真菌、酵母、病毒，甚至寄生蟲。研究表明，腸道微生物佔糞便的25%~54%。公廁更是病菌傳染的重災區。因此，大多數發達國家的公廁都嚴格定期清潔消毒。然而，弗里斯通表示，爲了更好地保護自己，可以利用隨身攜帶的消毒紙巾擦拭馬桶坐圈後再使用。當然，馬桶座圈並非大衆關心的唯一公廁衛生問題。2011年一項研究發現，衝馬桶時，細菌會擴散到馬桶蓋、門、地板和衛生紙架等物件上。弗里斯通建議：1.爲降低病菌感染風險，用完廁所，按下衝水按鈕後應立即離開隔間；2.徹底洗手，以清除污垢、細菌和病毒，防止潛在感染風險,最好用肥皂水揉搓手掌、手指（含指甲）20~30秒，然後用清水沖洗乾淨；3.並非每位如廁者都會徹底洗手，門把手被細菌污染的可能性極大，洗淨手離開公廁時，最好用紙巾墊着，或者用肘部推開門。
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