破卵針十二天陰道有褐色分泌物可能是正常妊娠、月經、陰道炎等原因引起的，需根據實際情況對症處理，具體分析如下：
1、正常妊娠
破卵針的主要成分是人絨毛膜促性腺激素，在注射後，能夠加快卵泡破裂，從而起到排卵的效果。如果在短期內存在性生活，體內的精子與卵子結合，形成受精卵。在受精卵着牀時，子宮內膜受刺激，存在部分脫落情況，因此可能會出現破卵針十二天陰道里有褐色分泌物的現象，是正常情況。建議可以前往醫院，進行B超檢查，確定是否妊娠。
2、月經
如果女性在此階段沒有性生活，並且接近月經週期，體內的激素水平出現較大的波動情況，性激素含量降低，致使子宮內膜缺少性激素支持，逐漸脫落，也會產生該症狀。建議在此期間應保證充足休息時間，不要過度勞累。
3、陰道炎
若不注意個人衛生，或者經常進行不潔的性生活，致使細菌侵入陰道內，並在此大量繁殖，引起陰道炎，炎症刺激陰道表皮細胞，導致細胞壞死脫落，就會引起上述情況。建議患者可在醫生指導下使用陰道抑菌凝膠、奧硝唑陰道栓等藥物治療。
除此之外，還可能是盆腔炎、子宮內膜炎、子宮息肉等病症造成的。建議在此期間注意隱私部位衛生，加強身體保暖。
