指甲蓋裏面長小膿包通常是外傷、甲溝炎、甲癬等原因引起的，此時應該在醫生的指導下根據病因進行相應的治療。具體分析如下：
1、外傷
指甲部位發生擠壓或者暴力撞擊後會出現局部損傷，導致滲出、有膿包等症狀，並伴有疼痛。此時應該注意創面護理，並遵醫囑局部使用鹽酸金黴素軟膏、夫西地酸乳膏等藥物來防止感染。
2、甲溝炎
是發生在指甲部位，以及周圍組織的炎症，通常和外傷、感染等因素有關，患者會出現局部紅腫、流膿，伴有癢痛、發熱等症狀。通常建議患者遵醫囑服用阿奇黴素片、阿莫西林膠囊等藥物來進行治療。
3、甲癬
真菌侵襲指甲部位時通常會引起甲癬，導致局部指甲增厚，分離，指甲內會出現水皰或者膿包，伴有發麻、發癢等症狀。患者此時應該遵醫囑使用珊瑚癬淨、鹽酸阿莫羅芬搽劑等藥物來改善症狀。
除上述常見原因外，還有可能是其他因素所致，比如扁平疣、膿包型銀屑病、甲下腫瘤等。患者此時應該注意做好患部護理，以免加重局部症狀。
