膽囊結石的發病與年齡、性別、肥胖、生育、種族和飲食等因素有關，也受用藥史、手術史和其他疾病的影響。
大多的流行病學研究表明，膽囊結石的發病率隨着年齡的增長而增加。本病在兒童期少見，其發生可能與溶血或先天性膽道疾病有關。一項調查表明，年齡在40-69歲的5年發病率是低年齡組的4倍，高發與低發的分界線爲40歲，各國的報道雖有一定差異，但發病的高峯年齡都在40-50歲這個階段。
近年來超聲診斷研究結果男女發病之比約爲1:2，性別比例的差異主要體現在膽固醇結石發病方面，膽囊的膽色素結石發病率無明顯性別差異。女性膽固醇結石高發可能與雌激素降低膽流、增加膽汁中膽固醇分泌、降低總膽汁酸量和活性，以及黃體酮影響膽囊動力、使膽汁淤滯有關。
臨牀和流行病學研究顯示，肥胖是膽囊膽固醇結石發病的一個重要危險因素，肥胖人發病率爲正常體重人羣的3倍。肥胖人更易患膽囊結石的原因在於其體內的膽固醇合成量絕對增加，或者比較膽汁酸和磷脂相對增加，使膽固醇過飽和。
妊娠可促進膽囊結石的形成，並且妊娠次數與膽囊結石的發病率呈正相關，這種觀點已經臨牀和流行病學研究所證明。妊娠易發生結石的原因有：
（1）孕期的雌激素增加使膽汁成分發生變化，可增加膽汁中膽固醇的飽和度。
（2）妊娠期的膽囊排空滯緩，B超顯示，孕婦空腹時，膽囊體積增大，收縮後殘留體積增大，膽囊收縮速率減小。
（3）孕期和產後的體重變化也影響膽汁成分，改變了膽汁酸的腸肝循環，促進了膽固醇結晶的形成。
膽囊結石的發病與年齡、性別、肥胖、生育、種族和飲食等因素有關，也受用藥史、手術史和其他疾病的影響。
不同國家和地區發病率存在一定差別，在我國以北京、西北和華北地區膽囊結石發病率較高。國家和地區間的膽石類型亦不同，而英國則以碳酸鈣結石比其他國家發病率高。
飲食習慣是影響膽石形成的主要因素，進食精製食物、高膽固醇食物者膽囊結石的發病率明顯增高。因爲精製碳水化合物增加膽汁膽固醇飽和度。我國隨着生活水平提高，膽囊結石發病已佔膽石病的主要地位，且以膽固醇結石爲主。
膽囊結石發病在種族之間的差異亦提示遺傳因素是膽石病的發病機制之一。以單卵雙胎爲對象的研究證明，膽石症患者的親屬中發生膽石的危險性亦高，而膽石病家族內的發病率，其發病年齡亦提前，故支持膽石病可能具有遺傳傾向。
膽囊結石的發病亦與肝硬化、糖尿病、高脂血症、胃腸外營養、手術創傷和應用某些藥物有關。如肝硬化患者膽石病的發病率爲無肝硬化的3倍，而糖尿病患者膽石病的發病率是無糖尿病患者的2倍。
膽囊結石成分主要以膽固醇爲主，而膽囊結石的形成原因至今尚未完全清楚，目前考慮與脂類代謝、成核時間、膽囊運動功能、細菌基因片段等多種因素密切相關。
