巧克力囊腫的手術包括開腹手術和腹腔鏡手術。巧克力囊腫手術是要根據患者的年齡、生育要求以及囊腫的範圍、侵犯的範圍來決定。以腹腔鏡手術爲例，手術過程如下：
1、麻醉：患者取仰臥位躺在手術牀上，由專業麻醉師進行全身麻醉；
2、開口：在肚臍及腹部臍周處包括髂前上棘的1/3、髂前上棘的2/3進行打孔；
3、器械進入盆腔：用分離鉗進入盆腔，找到卵巢囊腫的位置；
4、剝離：找到後，一般先進行穿刺，將巧克力囊腫裏面的液體引流，引流之後再將巧克力囊腫裏面進行血液的沖刷，沖刷之後再進行巧克力囊腫的剝離；
5、縫合止血：結束後將盆腔內的血液衝出。檢查盆腔內沒有異常出血，將器械撤出即手術結束。
建議前往正規醫院，在專業醫生指導下進行操作。
