患者通過在病甲外部塗抹藥物的方法
這類治療方法往往直接有效，但中醫藥物的滲透力一般，往往需要先用利器刮除病甲後才能開展治療，患者痛苦不堪;而西醫藥物雖然有強力滲透劑的幫助滲透能力強，但是藥物成分本身仍然以抗生素爲主，對人體的副作用難以避免。所以傳統的外敷治療腳灰指甲的治療方法雖然簡單有效但是同樣讓人覺得有十分遺憾的地方。
中醫古方治療腳灰指甲的治療方法
其主要原理和治療過程均與外敷治療法的原理和治療過程相似，只是中醫的外用藥物被替換成一些在“民間傳說”中具有殺菌功效的植物或藥物。這類偏方的可信度差，而且很多偏方本身的來源就值得考究，臨牀上也常見因爲誤信偏方耽誤治療導致嚴重後果的案例。因此，雖然很多偏方被傳說的神乎其神，但很少有患者願意以身試藥。
外科手術的方式拔除病甲的腳灰指甲
由於腳灰指甲的病發處就是人體坐立行走的功能器官腳趾，所以手術治療法必然會因爲去除患者的腳灰指甲導致影響患者的正常生活。況且，這種質量方法創面大，出血多，患者在術後處理不當引起傷口感染的可能性高，而且更重要的是，患者既無法依靠手術治療根除灰指甲的病發，又無法長期依靠此法治療腳灰指甲，所以這類治療辦法只能“救急”卻不能“醫病”。
服用抗真菌類藥物抑制病原真菌發作
由於腳灰指甲的患處位於腳趾的頂端，因此這類療法雖有一定的療效，但是服藥的週期往往較長，且長期口服殺菌類抗生素藥的副作用也很巨大，患者常常還沒有治癒灰指甲就已經因爲肝腎功能受刺激而不得不放棄治療了，況且此法也無法解決停藥後腳灰指甲復發的問題。這類治療方法也是隻治標不治本，弊大於利。
