適當泡酵素浴可以促進機體的新陳代謝，緩解肢體的疲勞，能夠在一定程度上增強機體的免疫力，可以有效預防疾病。
但酵素浴中的某些成分可能一些人羣並不耐受，容易發生過敏反應，引起瘙癢、起紅疹等不適。而且，在泡酵素浴的環境中，溫度相對較高，可能會使血管擴張，從而發生低血壓，導致腦部的供血、供氧不足，可能引起頭暈目眩、全身乏力的情況。當出現症狀時，建議患者先離開浴室，到空曠人少的地方安靜休息，充分吸氧，恢復正常。此外，泡酵素浴的概念還比較新興，市場的管理機制可能並未健全，不排除存在部分機構重複利用木屑進行泡酵素浴的情況，這種情況容易引發尿路感染，且木屑中的汗液和代謝物也是非常不衛生的。所以在選擇機構時需要仔細甄別出正規的機構。
