做胃鏡全麻對大腦可能會有一些影響，但一般不會引起比較大的副作用。
做胃鏡使用麻醉藥物成分主要是丙泊酚，這種藥物進入人體以後，一般會在短時間內，導致患者顱內壓降低而引起腦血流量減少的現象，甚至可能會出現短時間的腦缺氧，使患者麻醉清醒以後表現爲心率減慢、肌力下降、頭暈以及頭痛等異常症狀。但是，麻醉作用是可逆的，再加上機體有一定的代謝功能，所以隨着時間推移藥物代謝以後，上述症狀就會逐漸的消退，一般不會對大腦產生比較嚴重的影響，所以無需過於擔心。
一般做胃鏡全麻以前，患者需要在醫生的指導下進行心電圖、血常規等相關檢查，會根據檢查結果進行綜合評估，主要是爲了排除患者的手術禁忌症，以最大程度上降低術以及麻醉的風險。
