一支昂貴的雪茄，如果儲存不當，最終也許只能忍痛丟棄。在儲存過程中除了控制不好溼度和溫度以外，最常遇見的就是發生黴變和蟲蛀。
一般來說，保溼盒中的雪茄發黴是比較少見的，只有當盒內的相對溼度達到80%左右，並且維持了好幾個星期纔會出現。但是如果雪茄發黴了，也不必過於慌張，先把發黴的雪茄拿出來，避免傳給其它的雪茄。發黴嚴重的就放棄，扔掉，不太嚴重的，可以用乾淨的軟布擦掉上面的黴菌，再放到保溼盒內。最終還是要維持比較好的雪茄保存環境。
一支昂貴的雪茄，如果儲存不當，最終也許只能忍痛丟棄。在儲存過程中除了控制不好溼度和溫度以外，最常遇見的就是發生黴變和蟲蛀。
其實，雪茄的黴變是一個很正常的現象，一支雪茄的貯存時間一旦超過兩年，就很容易發生黴變，這與雪茄盒的好壞關係不大。
雪茄的最佳儲存條件是相對溼度70%，溫度爲20攝氏度。這個儲存環境不但適宜雪茄的保存，同樣會給黴菌帶來良好的生存環境。
因此我們說，黴菌的滋生是不可避免的，尤其當這兩個數據上升的時候，黴變機率更會大大增加。
雪茄黴變，加強日常的通風可以減少黴變的機率，尤其是在溼潤的地區或是降水較多的季節。黴變通常從雪茄的表面開始，也就是我們所說的茄衣。黴菌的顏色呈灰白色，絲狀分佈。
雪茄發生黴變的時候不要驚慌，在黴變的初始如果及時採取通風，是可以補救的。
一旦發現你心愛的雪茄發生黴變，要儘快擦掉茄衣上的黴斑，並儘早吸食，避免不必要的損失。
同時清潔雪茄的存儲設備內部，用乾淨的毛巾擦去黴斑，將其進行通風乾燥，等黴氣散去纔可以重新使用。
如果黴變狀況嚴重，你就不得不忍痛把它扔掉，不然會影響到其它的雪茄，得不償失。
18-21°C被認爲是理想的雪茄保存溫度。低於12°C的話，期望中的雪茄熟化過程將被減弱，因此陰冷的葡萄酒儲藏地窖僅僅適用於有限幾種類型的雪茄。最不好的是高溫，如果高於24°C會引起菸草蟲的出現，也可能引起雪茄的腐敗。要絕對防止雪茄櫃的陽光直照。
爲了有規律地向一個安頓好的雪茄櫃內提供新鮮空氣，建議兩週內至少打開雪茄櫃一次。
如果存放在雪茄櫃的話，只要把相對溼度保持恆定在65-75%之間，並且恆定提供新鮮空氣的話，理論上保存雪茄是沒有時間限制的。高質量的手工雪茄保存許多年後，可以保持其風味不變。特別是在英國，就有一種保持雪茄長久不變風味的習慣。
珍品雪茄在運送到菸草行之前，它們一般已經會在工廠或者分銷商的空調設備中熟化6個月左右。但是，由於人們對古巴雪茄的需求十分旺盛，越來越多的跡象表明，這種熟化的過程在逐漸縮短。因此，建議各位在買回雪茄之後，再在自己的雪茄櫃中熟化3-6個月後才吸食。在熟化的過程中，雪茄可以煥發出更加平穩的風味。然而有些珍品雪茄在熟化了幾年後，可能煥發出獨特的芬芳。所以，決定何是時停止熟化，完全取決於每個人的口味。雪茄客的一件十分有趣的事情就是對同一個品牌的不同熟化時間下的風味進行比較。從而可以找到最適合自己的存儲及熟化的時間。
雪茄會吸收周圍環境中的氣味。因此，雪茄不僅僅吸收雪茄櫃中內層木膽的氣味，同時也會吸收同時存儲於同一個雪茄櫃中其他雪茄的氣味。雪茄櫃一般都會配有分割盒子，以最大限度地減少雪茄的串味。然而，要徹底解決雪茄串味的問題，就必須將雪茄按品牌分別保存在不同的雪茄櫃，或有抽屜的雪茄櫃中，這樣雪茄就可以保持原汁原味了。一些雪茄迷們，然而會盡量將各種不同品牌的雪茄存儲在同一個雪茄櫃中熟化幾個月，以混合出自己的喜好風味。但通常，不同濃烈程度（也就是說，不同國度或地區）的雪茄還是應該儘量存放在不同的地方，以避免串味。一種有多個小抽屜的雪茄櫃是一種防止串味的方便工具。
如果是在一個小雪茄櫃中存放75支robusto,那雪茄是不需要經常翻滾的，因爲這類尺寸的精製雪茄櫃很容易達到恆定的溼度。然而，在具有多個格子或多層的大型雪茄櫃中，其溼度的水平取決於加溼的系統，因此，如果雪茄的存儲時間長的話，就需要每隔1-3個月翻動一次。或者，將需要長期存儲的雪茄放在離加溼器較遠的地方熟化，而將近期要消耗的雪茄放在離加溼器近的地方加溼。
玻璃紙是用來在運輸過程中儘量保持其中的溼度的。但是在雪茄櫃中，玻璃紙就會阻止優良的溼度對其風味的優化。如果一定要將玻璃紙一起放入雪茄櫃，那也必須將玻璃紙包裝的兩頭打開，以保持氧氣的循環。說到底，是否剝去玻璃紙是個人的問題：剝去是爲了得到期望的熟化風味，不剝去是爲了使雪茄之間不串味。因此，如果雪茄櫃中沒有分隔盒，而你又不想讓雪茄間的味道互相影響的話，就可以隨玻璃紙一起放入雪茄櫃來保存雪茄。
珍品雪茄在運輸過程中通常會用一張西班牙雪松衣來包裹的。是否除去也和上面的問題一樣，也是一個個人愛好問題。
根據所購雪茄的價格，如果雪茄的數量超過了你在1-2天內消費的數量，你就必須爲你的雪茄尋找一個合適的存儲環境，否則的話，你在雪茄上的投資將會打水漂：乾燥，無味，無法吸食，最佳的存儲方法就是將雪茄放入一個可以保持溫度在華氏70度，溼度保持72水平的容器中。最方便的方法當然是去購買一個木製的，具有加溼器的雪茄櫃。
當然也有變通的保存方法。雖然雪茄櫃是目前爲止最有效的保存工具，但是這不意味着雪茄就只能保存在雪茄櫃中。只要是密封的，可製冷的容器都可以保存雪茄，但必須記住：雪茄保存的關鍵是保溼，因此必須在容器中裝有加溼器，以使雪茄處於一個合適的溼度中。
如果需要旅行時攜帶雪茄，那雪茄必須存放在密封的環境中，以保持其溼度。除了用菸草行中常見的旅行用雪茄櫃以外。還可以用各種密封保溼袋。雪茄是比較怕高溫和潮氣的。特別是在長途的飛行中，更要注意。
雪茄發黴還能不能抽要看具體情況，如果表面輕微發黴，經過處理之後，還是可以抽的，如果嚴重發黴，就不能抽了。
當雪茄表面均勻的出現分散得較開的黴點時，恰恰說明目前這支雪茄狀態良好，當你湊近端詳時會發現黴點是一粒粒呈圓形的小點，取一塊質地非常柔軟的乾淨絨布輕輕擦拭掉黴點就可以了(擦眼鏡的天鵝絨布就很好)，手上的力度要得當以防擦破包葉，依次檢查處理完所有的雪茄，儘量維持現有的保養環境不變。
