手術最佳治療時間取決於多種因素，其中包括先天畸形的複雜程度、患兒的年齡、體重、全身發育及營養狀態等。
新生兒先心病要即刻手術嗎
年齡不是限制先天性心臟病手術的主要因素，是否需要手術要根據患兒的病情需要進行綜合判斷。手術早期可糾正異常的血流動力學，降低呼吸道感染及心力衰竭等的發生概率，有利於患兒儘快恢復健康。同時也可減輕家庭、社會的經濟負擔和心理負擔。
複雜的先天性心臟病，如完全性大動脈轉位、肺靜脈異常引流、室間隔完整的肺動脈閉鎖等，隨時會危及生命的需要急診手術。
簡單的先天性心臟病，左向右分流量比較大疾病，如大的室間隔缺損、較大動脈導管未閉等。孩子出生一個月內是有原發新生兒期肺高壓，此時分流量較小，兩三月後症狀加重，如果情況較好，建議到兩三個月左右，再做右腋小切口手術。但是如果出現反覆的肺炎、心衰、生長發育嚴重受限，就要做急診手術。
對於室缺不是特別大，但肯定長不上。比如五六毫米的室缺，生後觀察沒有變小趨勢，建議半歲左右做右腋小切口手術，風險和兩三歲孩子無區別、花費也不高，並且因爲孩子較小對心理上沒有影響，恢復也很快。
對於更小室缺可觀察到兩三歲左右，如果仍未長上時，再做手術。
對於紫紺型心臟病如法洛四聯症、肺動脈閉鎖等，看孩子狀態和飽和度，如安靜狀態下，飽和度達到80%以上，各方面症狀不明顯，生長髮育影響不明顯，推薦半歲時手術。如孩子缺氧嚴重要及時手術。
對於兩三月低齡、低體重兒等常見先天性心臟病、部分法洛四聯症、二尖瓣關閉不全、三尖瓣下移畸形、冠狀動脈瘻等部分複雜先心疾病均可採用右腋小切口手術。對於各種複雜畸形，低齡、低體重均可進行矯治。
從嚴格意義上講，先天性心臟病應該早期手術，但由於該手術對主刀醫師乃至整個醫院的技術要求很高，而且有嚴格的適應證，同時某些先天性心臟病伴隨年齡的增大有可能恢復，在考慮手術治療時要考慮綜合因素。
一般指房間隔缺損、室間隔缺損、動脈導管未閉、肺動脈瓣狹窄、法洛四聯症，佔整個先天性心臟病的80%左右。
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