9月6日，國家衛生計生委、財政部聯合印發《關於做好2013年新型農村合作醫療工作的通知》，要求在前期改革的基礎上，全面推開利用新農合基金購買城鄉居民大病保險的試點，以省(區、市)爲單位全面推開20個病種的重大疾病保障試點工作，提高參合農民受益水平，並深入推進新農合支付方式改革，以此推動基層醫療衛生機構運行機制改革。
統籌結餘不超
當年籌資總額25%
從2013年起，各級財政對新農合的補助標準從每人每年240元提高到每人每年280元。其中，原有240元部分，中央財政繼續按照原有補助標準給予補助;新增40元部分，中央財政對西部地區補助80%，對中部地區補助60%，對東部地區按一定比例補助。參合農民個人繳費水平原則上相應提高到每人每年70元。
《通知》要求，地方各級衛生(衛生計生)行政部門採取有效措施，確保新農合基金結餘率在2012年的水平上有明顯下降，實現統籌基金累計結餘不超過當年籌資總額的25%，當年結餘不超過當年籌資總額的15%。2012年當期基金收支出現赤字及2013年存在基金超支風險的部分地區，要通過精細測算、控制不合理費用增長等方式，確保基金不出現淨超支現象。
加大管控力度
確保有效用於農民看病
《通知》指出，2012年審計署對社保基金進行了全面審計，地方各級衛生(衛生計生)行政部門要根據審計發現的問題，有針對性地完善新農合基金管理制度和措施，特別是加大對鄉村兩級門診統籌和異地就醫發生費用的審覈力度，嚴格執行審覈支付流程和標準，規範崗位設置和職責分工，建立健全內部控制制度和違規責任追究制度，確保新農合基金有效用於參合農民看病就醫。
兩個全面推開
“兜住”大病治療
《通知》要求，地方各級衛生(衛生計生)行政部門加快推進商業保險機構參與新農合經辦服務和大病保險工作，全面推開利用新農合基金購買城鄉居民大病保險的試點，鼓勵以地市或省爲單位開展大病保險工作，做好大病保險與新農合重大疾病保障的銜接，積極創造條件逐步向大病保險統一，確保參合農民待遇不降低;要以省(區、市)爲單位全面推開兒童白血病、先天性心臟病、終末期腎病等20個病種的重大疾病保障試點工作，通過談判、團購的方式將原研藥、專利藥等特殊藥品納入報銷範圍，降低藥品費用。
引導合理就醫
支付方式改革擴面
《通知》要求，進一步優化統籌補償方案，提高保障水平，將政策範圍內住院費用報銷比例提高到75%左右，進一步提高統籌基金最高支付限額和門診醫藥費用報銷比例，適當拉開不同級別醫療機構間的門診和住院報銷比例，將門診逐步引向鄉村醫療機構，將住院主要引向縣鄉兩級醫療機構，引導農民合理就醫流向，推動實現“小病不出鄉、大病不出縣”。
《通知》強調，要深入推進新農合支付方式改革，結合門診統籌推行按人頭付費，結合門診大病和住院統籌推行按病種付費等多種形式的支付方式改革，增強改革的規範性和實效性，擴大支付方式改革對醫療機構和病人的覆蓋面，有效控制醫療費用不合理增長，提高參合農民受益水平，並以此推動基層醫療衛生機構運行機制改革。
