早上起來臉疼、嗓子疼、牙齦疼可能是牙齦炎、感冒、扁桃體炎等原因引起，可以通過一般治療、藥物治療等幫助改善。具體分析如下：
1、牙齦炎
患者在平時如果刷牙不當，就可能會導致牙齦組織出現炎症，炎症的刺激可能會累及周圍的部位，從而出現牙齦腫痛、嗓子疼、臉疼等症狀。患者在平時保持口腔衛生，及時使用牙線清除口腔殘渣，飯後漱口，在一定程度上可以幫助緩解症狀。
2、感冒
患者在晚上睡覺沒有做好保暖措施，導致受涼，就可能會由於炎症刺激導致早上起來嗓子疼、牙齦疼、發熱、臉疼等症狀。患者可遵醫囑，通過服用蒲地藍消炎口服液、雙黃連口服液等藥物治療。
3、扁桃體炎
扁桃體炎是比較常見的上呼吸道感染性疾病，主要是由於致病微生物感染以及免疫力低下等有關，患者在受到一些細菌感染後會在體內大量地繁殖，從而出現咽喉部疼痛、吞嚥困難、扁桃體紅腫、牙痛、頭痛等症狀。患者可遵醫囑通過服用布洛芬緩釋膠囊、對乙酰氨基酚片等藥物治療。
除了以上原因外，還有可能是智齒冠周炎、中耳炎、急性根尖周炎等原因。患者在平時應注意飲食清淡，避免吃刺激性的食物，如辣椒、麻辣火鍋等，以免加重症狀。
