衛生部、國家發展改革委、財政部日前聯合下發《關於推進新型農村合作醫療支付方式改革工作的指導意見》，要求各地積極探索實行按病種付費、按牀日付費、按人頭付費、總額預付等付費方式，逐步建立有利於合理控制醫療費用、提高參合人員受益水平、確保基金安全高效運行的新農合費用支付制度。
根據要求，各地要從2012年開始積極推進統籌區域內定點醫療機構和病種全覆蓋的支付方式改革試點工作,並逐步擴大實施範圍，爭取到2015年實現在所有的統籌地區全面實施的目標。
新農合經辦機構與定點醫療機構協商確定預算總額用於購買門診服務
新農合支付方式改革，是通過推行按病種付費、按牀日付費、按人頭付費、總額預付等支付方式，將新農合的支付方式由單純的按項目付費向混合支付方式轉變，其核心是由後付制轉向預付制，充分發揮基本醫保的基礎性作用，實現醫療機構補償機制和激勵機制的轉換。
衛生部等三部門要求，在鄉(鎮)、村兩級醫療衛生機構，要積極推行以門診費用總額預付爲主的支付方式改革。門診總額預付是新農合經辦機構與定點醫療機構協商確定年度門診費用預算總額的一種付費方式。預算總額用於購買鄉(鎮)、村級醫療衛生機構提供的一般性疾病門診服務。門診預算總額的確定，要根據每一個鄉(鎮)、村級醫療衛生機構近2至3年區域服務人口、就診率、次均門診費用、服務能力等分別測算確定，同時考慮經濟增長、物價變動以及地理環境、人口增長、流動等因素，對預算總額原則上每年協商調整一次。門診預算總額的支付必須結合新農合經辦機構對服務機構年度約定服務數量和質量的考覈情況，避免鄉(鎮)、村級醫療衛生機構實行門診總額預付後病人不合理轉診分流。
在實施門診費用支付方式改革中，也可探索實行按人頭付費向鄉村(全科)醫生購買服務的方式。對於特殊病種大額門診費用，可探索實行定額包乾的支付方式。在開展縣、鄉、村縱向技術合作或一體化管理的地方，可探索在協作體系內對門診服務按人頭付費，要根據服務人口患病率、門診分級診療、前三年門診次均費用等情況，綜合確定人頭付費標準。
按病種收費標準應包括從入院到出院所發生各項支出，原則上不得另行收費
衛生部等三部門要求，積極推進按病種付費、按牀日付費等住院費用支付方式改革。
按病種付費是指根據住院病人所患病種確定相應付費標準的費用支付方式。新農合經辦機構和醫療機構通過談判協商，根據前三年病種費用平均水平和現行病種收費標準等，合理確定付費標準，並可根據疾病診療過程中病情的異常變化給予一定的費用浮動空間。
按病種收費標準應包括患者從診斷入院到按出院標準出院期間所發生的各項費用支出，原則上不得另行收費。要積極做好按病種付費方式和收費方式改革的銜接。按病種收付費，原則上費用超出部分由醫療機構承擔，結餘部分歸醫療機構所有。
按牀日付費是將所有住院疾病分爲若干類，合理確定平均住院日，經過測算確定各類住院疾病不同牀日段的牀日付費標準，體現疾病診療每日臨牀活動及資源消耗情況，並按住院牀日累計計算每例住院病人的付費額。實行按牀日付費要制定嚴格的質量控制和評價指標，避免違規縮短或延長住院時間、推諉病人的行爲。
新農合經辦機構對出院患者抽查，避免發生無故縮短患者住院時間等現象
指導意見提出，要根據不同的新農合支付方式特點，建立支付方式評價體系。可結合實際配套制定相應的約束和激勵措施，落實績效考覈辦法。
在實施門診總額預付中，新農合經辦機構要對定點醫療機構門診服務數量、質量、轉診率以及患者滿意度定期進行考覈，完善公示制度，注意防範醫療機構分解處方、推諉病人、不合理減少醫療服務、降低服務質量的行爲。
對住院費用的支付，新農合經辦機構要加強對定點醫療機構診療過程的監管。定點醫療機構應嚴格執行相應的入出院標準，由新農合經辦機構對患者出院狀態進行監測和抽查回訪，避免發生向門診轉嫁費用、診斷升級、分解住院、無故縮短患者住院時間、降低服務質量等現象。實行分級醫療，嚴格執行首診負責制，完善逐級轉診制度，避免醫療機構推諉重症患者。應當將醫療服務監測評價結果作爲新農合最終支付費用的重要依據。
