金針菇的根通常不建議吃，比較難清洗。具體分析如下：
金針菇含有蛋白質、脂肪、碳水化合物等營養物質，能夠爲機體補充所需的營養，提高身體的生物活性，促進身體的新陳代謝。一般在食用時會將金針菇的根部完全切除，因爲根部比較容易木質化，不容易咀嚼，並且容易夾雜腐木和泥土，很難清洗乾淨。在進食後可能會導致身體出現不適反應。
金針菇中含有秋水仙鹼，在高溫烹飪後才能夠被完全破壞，所以避免生吃，以免人體出現中毒反應。
