酵素原液的副作用通常主要包含感染、過敏、胃黏膜損傷等情況。
1、感染
酵素原液在生產過程中一旦生產不當，就可能會產生大量的微生物、細菌和病原體，這些物質在進入人體後就可能會誘發感染。
2、過敏
由於酵素原液中的成分比較複雜，機體比較敏感或對其中某些成分存在過敏現象的患者，可能會在使用後出現過敏現象，嚴重甚至會導致過敏性休克。
3、胃黏膜損傷
由於酵素原液中還含有大量的酸性物質，如果長期大劑量使用，還可能會刺激胃黏膜，造成胃黏膜損傷。
除此之外，其中含有的糖分也較高，長期使用還不利於血糖穩定，易引起糖尿病。
